In einer Welt, in der die Himmelstüren verschlossen und die Hölle überflutet sind, versammeln sich überlebende Engel, Dämonen und Menschen in der schwebenden Stadt Tokyo Babel. Sie hoffen, durch die sieben Schichten von Babel Jakobs Leiter zu erklimmen und die Tore zum Himmel wieder zu öffnen. Doch ihre Pläne werden durchgestrichen, als eine Gruppe von Pilgern, deren Verstand von Wahnsinn verzehrt ist, die Macht über die Stadt an sich reißt und Chaos verbreitet. Inmitten dieses endlosen Konflikts wird Tendou Setsuna, ein Mann, der sein Leben lang keine menschliche Behandlung erfahren hat, aus den Trümmern seiner zerstörten Welt gerettet. Zusammen mit Lilith, der Hexe der Nacht, begibt er sich auf eine Reise durch Tokyo Babel. Seine Suche nach Antworten führt ihn zu einer einzigen, brennenden Frage: Warum hat er noch den Willen zu leben?
